При Фридрихе I Барбароссе (1152–1190 гг.) в Германии началась феодальная раздробленность, резко усилившаяся в 13 в. Но, несмотря на это, в стране происходило бурное экономическое развитие, рост ремёсел и торговли. В ходе революционного коммунального движения, начавшегося в кон. 11 в. восстаниями в рейнских городах Вормсе, Кёльне и др. и продолжавшегося вплоть до 14 в., многие города освободились от власти сеньоров, добились самоуправления, личной свободы горожан. 

В XIII–XIV вв. в городах растет цеховое ремесленное производство, а со вторим половины XV в. в некоторых отраслях зарождаются ранние формы капиталистического производства. Также товарно-денежные отношения постепенно проникают и в сельское хозяйство: крестьяне переводились на натуральные и денежные оброки. Однако экономический подъем еще не привел к возникновению единого общенемецкого хозяйства и общегерманского рынка. Объединившиеся в Ганзейский союз, Северогерманские города вели торговлю с Англией и Фландрией, Скандинавией и Новгородом, в свою очередь южногерманские – тяготели в своих экономических связях к Средиземному морю (Венеции).

Феодальная раздробленность страны сильно замедлила и развитие немцев как единой народности. Процесс этнического развития в этот период шел двояким путем: с одной стороны, развивались отдельные народности - баварцы, швабы, саксонцы и др., и в то же время в результате смешения разноплеменных немецких групп, особенно на востоке страны, складывалась общенемецкая культура. 

Что касается культурного развития Германии в этот период, заметим, что с открытием с конца XIV в. ряда университетов и появлением книгопечатания в 1445 г. оно вышло на качественно новый уровень. Книгопечатание способствовало более широкому распространению произведений гуманистов. Большое место в их работах отводилось сатирическому изображению католического духовенства, высмеивались средневековые предрассудки. В канун Крестьянской войны наиболее известны в Германии имена Иоганна Рейхлина, Себастьяна Бранта, а также голландца Эразма Роттердамского и др. 

Экономический подъем XIII–XV вв. способствовал в то же время и усилению социального расслоения. К концу XV в. усилилась эксплуатация крестьянства. В тоже время недовольство всех слоев общества вызывало в это время католическое духовенство – один из крупнейших землевладельцев, от экономического и идеологического давления которого страдало не только крестьянство, но и другие слои населения. В начале 16 в. давно вызревавшие оппозиционные настроения охватили различные социальные слои и вылились в первые крупные социально-политические выступления. Начало им положило выступление Мартина Лютера против индульгенций в 1517 г. Далее последовало восстание имперского рыцарства (1522-1523 гг.) и Крестьянская война (1525 г) которые потерпели неудачу. Однако религиозно-политическая борьба продолжалась ещё несколько десятилетий. По Аугсбургскому религиозному миру 1555 г. князья получили право определять религию своих подданных. Протестантство обрело равные права с католичеством.

К середине XVI в. экономическое положение Германии начало ухудшаться. Великие географические открытия изменили всемирные торговые пути в результате чего, ослабли позиции ганзейских городов. Во второй половине XVI в. утратили свою посредническую роль в торговле и южногерманские города. Немецкое цеховое производство не выдержало конкуренции с бурно развивающейся промышленностью Голландии и Англии. 

Конфессиональные и политические противоречия привели к тридцатилетней войне (1618–1648 гг.), во время которой огромные германские территории были опустошены и обезлюдели. По Вестфальскому миру 1648 г. часть территории Германии отошла к Франции и Швеции. Кроме того, Вестфальский мир юридически закрепил распад страны на 300 светских и духовных княжеств (не считая имперских городов), которые лишь формально входили в состав империи. Также обострились различия вероисповедной принадлежности: после Реформации большинство княжеств стали протестантскими. Среди них особо выделяется крупнейшее немецкое государство – Бранденбургско-Прусское курфюршество (с 1701 г. Прусское королевство).